Исполнение произведений Слонимского всегда было событием, которого с нетерпением ждали. Каждый авторский концерт, а тем более фестиваль его музыки, каждая премьера или новая постановка его творений вызывали долгие дискуссии в прессе.
В монографическом очерке, посвящённом творчеству Сергея Слонимского, исследователь Анатолий Милка написал: «Сергей Слонимский — один из весьма сложных и противоречивых композиторов. Можно сказать, что он сложен и противоречив настолько, что порой после очередного нового сочинения его поклонники становятся его „отрицателями“, а эти последние — поклонниками. Одно лишь остаётся постоянным: его музыка всегда вызывает интерес слушателей, о ней думают и спорят».
В начале 1999-го года известным грузинским режиссером Робертом Стуруа была поставлена в Самаре опера Слонимского «Видения Иоанна Грозного». Музыкальным руководителем спектакля стал Мстислав Ростропович. Премьера оперы вызвала ожесточённые споры. Критике подверглась и авторская трактовка исторического сюжета, и музыкальное решение, и сценическое воплощение.
Непроста сценическая судьба другой, более ранней оперы Слонимского — «Мастер и Маргарита», написанной в 1970–1972 годах. Долгое время произведение находилось под запретом. Лишь в июле 2000-го года «Мастер и Маргарита» была как бы «заново открыта» на Всемирной выставке в Ганновере в постановке Немецкого оперного театра города Ростока под управлением дирижера Михаила Юровского.
Одной из самых ярких мировых музыкальных премьер стала постановка в Мариинском театре одноактного балета Слонимского «Принцесса Пирлипат, или Наказанное благородство» на сюжет первой части сказки о Щелкунчике Эрнста Теодора Гофмана. И опять мнения критиков диаметрально разошлись — от бурного восторга до категорического неприятия. Балет «Принцесса Пирлипат, или Наказанное благородство» родился по инициативе и в соавторстве с художником Михаилом Шемякиным.
Огромная заслуга Сергея Слонимского — возрождение для широкой аудитории имён отечественных композиторов, чьё творчество пришлось на 30-70 годы XX века. Именно он выступал инициатором исполнения сочинений своих учителей и старших коллег — Виссариона Шебалина, Владимира Щербачёва, Ореста Евлахова, Бориса Арапова. «Мы в большом долгу перед этими композиторами», — говорил Слонимский.
Сергей Михайлович был в непрекращающемся творческом поиске. Несмотря на солидный возраст, он оставался молодым и смелым экспериментатором. В одном из интервью композитор сказал: «Я вообще сторонник того, что в ХХI веке не должно быть фундаментализма в сфере одного узкого направления — авангарда или бытового жанра, а должна быть универсальность».