Чешская певица, меццо-сопрано Магдалена Кожена родилась в семье учёных (ее отец — математик, мать — биолог). Первоначально занималась на фортепиано, но после перелома руки в шестилетнем возрасте стала учиться пению, поступив в детский хор Филармонического оркестра Брно. Затем Кожена училась в Консерватории Брно и в Высшей школе музыки в Братиславе, которую с успехом окончила в 1995 году. В том же году стала лауреатом Зальцбургского фестиваля. В 1996–1997 гг. — солистка Венской Фольксопер.
В 2003 Магдалена Кожена была удостоена звания Кавалера французского Ордена литературы и искусства.