Родился в Барселоне. Музыкальное образование ему дал его дядя Франческо Маринера, который был органистом Барселонского Собора (Карлос заменял его там в 1786 году). В 1789 году Карлос стал номинальным органистом Собора — пост, который он занимал до своей смерти.
Карлос Багер был одной из самых важных музыкальных фигур в Каталонии, прославившись своими неординарными интерпретациями и импровизациями на органе.
Как композитор он создал девятнадцать симфоний, а также литургическую музыку, оперы и камерную музыку.