Вильгельм Малер был учеником Германа Грабнера в Хайдельберге. Затем он учился в Мюнхене у Йозефа Хаса и в Берлине у Филиппа Ярнаха. В 1925 г. он был доцентом музыкальной теории в консерватории в Кельне. Кроме того, с 1931 по 1944 он преподавал в университете Бонна.
Во время национал-социализма он сочинял различные в соответствии с системой музыкальные произведения, с 1944 по 1945 был на военной службе.
С 1946 г. он руководил основанной им Северо-западно-немецкой консерваторией, с 1959 по 1969 — директором консерватории Гамбурга.
Среди его произведений — оркестровые сочинения, кончерто гроссо, концерт для скрипки, Tripelkonzert и концерт для клавесина и камерного оркестра, камерные произведения, 2 кантаты.